Hasta finales del siglo XV es objeto de diversos ataques, hasta que finalmente es arrasada por los portugueses.Fue durante los siglos XV y XVI que la identidad de la ciudad cambió, pasando a convertirse en refugio, principalmente de musulmanes y judíos. Además, gracias a los conocimientos técnicos adquiridos, lograron reconstruirla y refortificarla, poniéndola en el globo como punto de comercio importante. Pero, como había pasado anteriormente, la piratería volvió a hacer de las suyas, por lo que los españoles decidieron bloquear el puerto de entrada a Tetuán (Martil) para evitar más sabotajes. Durante el siglo XVII la ciudad siguió ganando en autonomía, construyendo además sus murallas defensivas y, a mediados de dicho siglo, y después de ciertos altos y bajos en sus relaciones comerciales con España, finalmente fue conquistada por ésta (supuestamente, con la intención de proteger a la ciudad de Ceuta) para, en un primer momento, devolverla a Marruecos y después convertirla en capital de su protectorado, hasta que finalmente Marruecos terminó consiguiendo su independencia a mediados del siglo siguiente. Una de las principales consecuencias de todo ello fue que la ciudad absorbiera una gran conciencia española. Y no sólo por convertirse en protectorado durante un tiempo: hay que tener en cuenta que en estos cuatros siglos se produjeron numerosos contactos entre españoles y ciudadanos de Tetuán, ciudadanos que recordemos habían estado durante todo este tiempo aislados, pero cuyos descendientes eran de la península y que incluso hablaban una variedad del español
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